บรรดามิสชันนารีที่มาเผยแพร่ศาสนาในเอเชียในศตวรรษที่ 16 ส่วนใหญ่เป็นคณะเยสุอิต คณะโดมินิกัน และคณะฟรังซิสกัน แต่มิสชันนารีเหล่านั้นบวชพระสงฆ์พื้นเมืองน้อยมากและส่งเสริมการขยายงานของคณะตนเอง แทนการอบรมพระสงฆ์พื้นเมือง ที่สามารถรับผิดชอบงานอภิบาลแทนได้เมื่อมิสชันนารีต่างชาติไม่อยู่ เมื่อเกิดการเบียดเบียนและห้ามเผยแพร่คริสตศาสนา กลุ่มคริสตชนต่างๆ ที่บรรดามิสชันนารีก่อตั้งขึ้นด้วยความยากลำบากได้ถูกเบียดเบียนอย่างรุนแรงและถูกฆ่าตายจำนานมาก ส่วนพระสงฆ์ที่ปกครองคริสตังเหล่านั้นซึ่งเป็นชาวต่างชาติก็ถูกขับไล่ออกนอกประเทศ บางองค์ถูกฆ่าตายพร้อมกับคริสตังและครูคำสอน ทำให้ไม่มีพระสงฆ์อยู่ในมิสซังเพื่ออภิบาลสัตบุรุษต่อไป ดังเช่นการเบียดเบียนอย่างรุนแรงที่เกิดขึ้นในญี่ปุ่น เป็นการเบียดเบียนพระศาสนจักรในเอเชียครั้งแรก และถือเป็นความหายนะอันใหญ่หลวงที่สุดในประวัติศาสตร์ของงานแพร่ธรรม

สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 10 ทรงตัดสินพระทัยส่งพระสังฆราช 3 องค์มาเอเชียใน ค.ศ.1652 พระสังฆราชทั้งสามนี้จะขึ้นต่อสมณกระทรวงโดยตรง แทนที่จะอยู่ในความควบคุมของพระมหากษัตริย์แห่งสเปนและโปรตุเกส ซึ่งได้รับอภิสิทธิ์ตามสนธิสัญญาตอร์เดอร์ซิลลัสที่ทำเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน ค.ศ.1494 เพื่อแบ่งเขตดินแดนที่ค้นพบใหม่ระหว่างสเปนและโปรตุเกส พระสังฆราชทั้งสามองค์นี้จะถูกส่งมาในเอเชียในฐานะ “ผู้แทนพระสันตะปาปา” แต่เพราะระบบสิทธิ์อุถัมภ์โปรตุเกส ทำให้ผู้แทนพระสันตะปาปาไม่สามารถทำงานได้อย่างเต็มที่